SUPT20H
Homolog SPT20 je protein koji je kod ljudi kodiran genom SUPT20H.[5][6][7] Primjenom fluerecentne hibridizacije in situ i radijaciono -hibridne analize, gen FAM48A mapiran je na hromosomu 13, sekvenca q13.3.
Koristeći diferencijalni prikaz PCR-a za identifikaciju gena snižene ekspresije u malignom tkivu prostate, nakon čega slijedi skrining biblioteke cDNK prostate i 5' RACE, Schmidt et al. (2001) klonirali su FAM48A, koju su označili kao C13. Transkript sadrži kratki uzvodni ORF i glavni ORF koji kodira izvedeni protein sa 733 aminokiseline s izračunatom molekulskom masom od 80 kD. Protein ima N-terminalni jedarni signalni peptid, praćen domenom bogatim alfa-heliksima, PEST motivom i C-terminalnim glutaminom. Također ima nekoliko potencijalnih mjesta fosforilacija serina. Northern blot analiza otkrila je transkripte od 3,0 i 4,4 kb u svim pregledanim tkivima. Northern blot i analize niza ekspresija pokazale su najveću ekspresiju u sjemenicima, zatim u različitim regijama mozga odraslih i nekoliko fetusnih tkiva, uključujući pluća, mozak, slezenu, timus i bubrege. In situ hibridizacija normalne ljudske prostate otkrila je FAM48A uglavnom u epitelu.[8] Zohn i et al. (2006) primijetili su da ljudski FAM48A, koga su nazvali p38IP, sadrži dva C-terminalna domena bogate serinom. Nasuprot tome, mišji protein s 530 aminokiselina ima samo jedan domen bogat serinom.
Funkcija gena[uredi | uredi izvor]
Zohn et al. (2006) pokazali su da su endogeni p38 (MAPK14) i p38IP u interakciji u ćelijama bubrega čovjeka. Dvo-hibridna analiza kvasca potvrdila je interakciju u HeLa ćelijama. p38IP nije bio u interakciji s drugim ispitivanim MAP-kinazama. Analiza mutacije otkrila je da je C-terminalna polovina p38IP, uključujući dvadomena bogata serinom, potrebna za interakciju s p38.[9]
Životinjski model[uredi | uredi izvor]
Zohn et al. (2006) uradili su skrining za mutagenezu N-etil-N-nitrozoureje. Drey mutirani miševi pokazali su nedostatke nepotpune penetracije u zatvaranju nervne cijevi, razvoju očiju i gastrulaciji. Pokazali su da je drey mutacija na mjestu prerade u p38ip uvela preuranjeni stop kodon. Drey mutirani miševi proizveli su mali dio transkripata divljeg tipa, vjerovatno objašnjavajući nepotpunu penetraciju. Drey mutant p38ip nije vezao p38, što je dovelo do oslabljene aktivacije p38 i njegovih nizvodnih supstrata u embrionskim tkivima. Rakođer su identificirali homozigotne miševe za ozbiljniju mutaciju p38ip, p38ip (RRK), koja je rezultirala potpuno penetrantnim defektima gastrulacije u kojima je bila otežana migracija mezoderma dalje od primitivne sekvence. Homozigotni miševi za p38ip (RRK) nisu aktivirali p38 u primitivnoj sekvenci, što je rezultiralo neuspjehom regulacije E-kadherina (CDH1), koji je blokirao prijelaz epitela u mezenhim potreban za normalnu migraciju mezoderma i gastrulaciju.
Aminokiselinska sekvenca[uredi | uredi izvor]
Dužina polipeptidnog lanca je 779 aminokiselina, a molekulska težina 85.789 Da.[10].
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MQQALELALD | RAEYVIESAR | QRPPKRKYLS | SGRKSVFQKL | YDLYIEECEK | ||||
| EPEVKKLRRN | VNLLEKLVMQ | ETLSCLVVNL | YPGNEGYSLM | LRGKNGSDSE | ||||
| TIRLPYEEGE | LLEYLDAEEL | PPILVDLLEK | SQVNIFHCGC | VIAEIRDYRQ | ||||
| SSNMKSPGYQ | SRHILLRPTM | QTLICDVHSI | TSDNHKWTQE | DKLLLESQLI | ||||
| LATAEPLCLD | PSIAVTCTAN | RLLYNKQKMN | TRPMKRCFKR | YSRSSLNRQQ | ||||
| DLSHCPPPPQ | LRLLDFLQKR | KERKAGQHYD | LKISKAGNCV | DMWKRSPCNL | ||||
| AIPSEVDVEK | YAKVEKSIKS | DDSQPTVWPA | HDVKDDYVFE | CEAGTQYQKT | ||||
| KLTILQSLGD | PLYYGKIQPC | KADEESDSQM | SPSHSSTDDH | SNWFIIGSKT | ||||
| DAERVVNQYQ | ELVQNEAKCP | VKMSHSSSGS | ASLSQVSPGK | ETDQTETVSV | ||||
| QSSVLGKGVK | HRPPPIKLPS | SSGNSSSGNY | FTPQQTSSFL | KSPTPPPSSK | ||||
| PSSIPRKSSV | DLNQVSMLSP | AALSPASSSQ | RTTATQVMAN | SAGLNFINVV | ||||
| GSVCGAQALM | SGSNPMLGCN | TGAITPAGIN | LSGLLPSGGL | LPNALPSAMQ | ||||
| AASQAGVPFG | LKNTSSLRPL | NLLQLPGGSL | IFNTLQQQQQ | QLSQFTPQQP | ||||
| QQPTTCSPQQ | PGEQGSEQGS | TSQEQALSAQ | QAAVINLTGV | GSFMQSQAAV | ||||
| LSQLGSAENR | PEQSLPQQRF | QLSSAFQQQQ | QQIQQLRFLQ | HQMAMAAAAA | ||||
| QTAQLHHHRH | TGSQSKSKMK | RGTPTTPKF |
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Reference[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000102710 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000027751 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Gomes I, Sharma TT, Edassery S, Fulton N, Mar BG, Westbrook CA (Jun 2002). "Novel transcription factors in human CD34 antigen-positive hematopoietic cells". Blood. 100 (1): 107–19. doi:10.1182/blood.V100.1.107. PMID 12070015.
- ^ Kunze D, Fuessel S, Meye A, Wirth MP, Schmidt U (maj 2006). "Functional analyses of C13orf19/P38IP in prostate cell lines". Oncol Rep. 15 (6): 1599–604. doi:10.3892/or.15.6.1599. PMID 16685401.
- ^ "Entrez Gene: FAM48A family with sequence similarity 48, member A".
- ^ Schmidt, U., Fiedler, U., Pilarsky, C. P., Ehlers, W., Fussel, S., Haase, M., Faller, G., Sauter, G., Wirth, M. P. Identification of a novel gene on chromosome 13 between BRCA-2 and RB-1. Prostate 47: 91-101, 2001. PubMed: 11340631
- ^ Zohn, I. E., Li, Y., Skolnik, E. Y., Anderson, K. V., Han, J., Niswander, L. p38 and a p38-interacting protein are critical for downregulation of E-cadherin during mouse gastrulation. Cell 125: 957-969, 2006. PubMed: 16751104
- ^ "UniProt, Q8NEM7". Pristupljeno 5. 8. 2021.
Dopunska literatura[uredi | uredi izvor]
- Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Schmidt U, Fiedler U, Pilarsky CP, et al. (2001). "Identification of a novel gene on chromosome 13 between BRCA-2 and RB-1". Prostate. 47 (2): 91–101. doi:10.1002/pros.1051. PMID 11340631.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Dunham A, Matthews LH, Burton J, et al. (2004). "The DNA sequence and analysis of human chromosome 13". Nature. 428 (6982): 522–8. doi:10.1038/nature02379. PMC 2665288. PMID 15057823.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Wan D, Gong Y, Qin W, et al. (2004). "Large-scale cDNA transfection screening for genes related to cancer development and progression". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 101 (44): 15724–9. doi:10.1073/pnas.0404089101. PMC 524842. PMID 15498874.
- Schmidt U, Fuessel S, Haase M, et al. (2005). "Quantification of C13orf19/P38IP mRNA expression by quantitative real-time PCR in patients with urological malignancies". Cancer Lett. 225 (2): 253–60. doi:10.1016/j.canlet.2004.10.037. PMID 15978328.
- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, et al. (2006). "Diversification of transcriptional modulation: Large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes". Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10.1101/gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
- Lim J, Hao T, Shaw C, et al. (2006). "A protein-protein interaction network for human inherited ataxias and disorders of Purkinje cell degeneration". Cell. 125 (4): 801–14. doi:10.1016/j.cell.2006.03.032. PMID 16713569.
- Zohn IE, Li Y, Skolnik EY, et al. (2006). "p38 and a p38-interacting protein are critical for downregulation of E-cadherin during mouse gastrulation". Cell. 125 (5): 957–69. doi:10.1016/j.cell.2006.03.048. PMID 16751104.